TSK, iç güvenliğin tehdit altında olduğunu ifade ederek zaman zaman sivil yönetime müdahale etmiştir.Bu müdahalelerde temel hukuki dayanak Türk Silahlı Kuvvetleri İç Hizmet Kanunu'nun 35. maddesinde yer alan "Madde 35 - Silahlı Kuvvetlerin vazifesi; Türk yurdunu ve Anayasa ile tayin edilmiş olan Türkiye Cumhuriyetini kollamak ve korumaktır." hükmü olmuştur.
Ancak 12 Eylül Darbesi'nin yargılanması için hazırlanan iddianamede bu maddenin darbeye meşruiyet kazandırmayacağı ve hiçbir kanun maddesinin anayasanın üzerinde olamayacağının altı çizildi. Devlet düzeninin temel kurumlarından TBMM ve tüm hak ve özgürlükleri ortadan kaldırmak için 35. maddeyi gerekçe göstermenin hukuka aykırılığa kılıf bulma gayreti olduğu aktarıldı.
TSK 1960 ve 1980 yıllarında iki kez yönetime el koymuş, 1971 yılında ise muhtıra vererek hükûmetin istifa etmesini istemiştir.
2007 yılından sonra Türk Silahlı Kuvvetlerinin bazı muvazzaf ve emekli mensupları, darbe planı ve ülkeyi kontrol atına almak amaçlı kaos planlarına ilişkin davalarla ilgili olarak yargılanmaya başlanmıştır. Bu davalar arasında Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz ve Eldiven darbe teşebbüsü iddiaları, Balyoz darbe planı ve İrticayla Mücadele Eylem Planı, Ergenekon davaları bulunmaktadır.
