Bahriye Vekâleti'nin İlgasına Dair Kanunun kabulü ile Bahriye Vekaleti kaldırılmıştır. Hemen akabinde 16 Ocak 1928 tarih ve 1199 sayılı kanun ile Milli Savunma Vekâleti'ne bağlı bir Deniz Müsteşarlığı kurulmuştur.
Genç Cumhuriyet donanması, bu dönem başlarında envanterinde 4 Kruvazör (TCG Yavuz, TCG Turgut Reis, TCG Hamidiye ve TCG Mecidiye), 2 Torpido Kruvazörü (TCG Peyk ve TCG Berk) ve 3 muhrip gemisi ile Gölcük yoğunluklu olarak faaliyet göstermiştir.
Bu dönemin en önemli gelişmelerinden biri de, nitelikli askerî personel eğitiminde olmuştur. Kurmay subay yetiştirmek amacıyla 2 Kasım 1930 tarihinde Deniz Harp Akademisi, Yıldız Sarayı'ndaki binasında eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır.
